L'Accademia ha per precipuo campo di studio l'antichità classica, ma spesso le sue ricerche si estendono da una parte fino alla preistoria, dall'altra fino al Rinascimento. Secondo lo Statuto riformato nel 1996, i soci si distinguono in onorari (20), effettivi (40) di qualsiasi nazionalità, e corrispondenti (80), in numero massimo di 140. A capo dell'Accademia è un Presidente coadiuvato da un Consiglio Accademico di nove membri; Vice Presidente, Presidente uscente, Segretario, Tesoriere, Curatore delle stampe, Bibliotecario-archivista e tre Censori. Protettore ne è il Cardinale Segretario di Stato e Presidente d'Onore il Sommo Pontefice. L'Accademia si aduna ogni mese, dal novembre al giugno, in sedute scientifiche pubbliche, durante le quali si svolgono, di solito, non meno di due dissertazioni. Si bandiscono concorsi a premi.

Sono a disposizione dei soci e degli studiosi che ne facciano richiesta la biblioteca accademica (costituita per lo più da Atti accademici), che ha una notevole attività di cambi, e l'archivio (dal 1810 in poi).

Le dissertazioni vengono divulgate nei Rendiconti e nelle Memorie; i primi, pubblicati regolarmente ogni anno, sono giunti nel 2009-2010 al vol. LXXXII; delle seconde, la cui serie 4° è giunta nel 2005 al vol. XVII, è stata inaugurata nel 1975 una serie in 8° destinata a lavori di carattere monografico di minor mole ed il cui apparato illustrativo non esiga il formato maggiore: tale serie è giunta nel 2006 al vol. VII. Queste pubblicazioni costituiscono la terza serie. Le due serie precedenti, con il titolo di Dissertazioni, vanno rispettivamente dal 1821 al 1864 e dal 1881 al 1920, l'una e l'altra di quindici tomi. Un indice generale delle Dissertazioni dal 1821 al 1938, per autori e materie, è pubblicato nel XIV volume dei Rendiconti della terza serie; un secondo indice generale dal 1938 al 1966, nel XXXVIII volume; un terzo indice generale dal 1966 al 2001, nel LXXIII volume.

Sotto gli auspici dell'Accademia sono stati pubblicati dalla Direzione Generale dei Musei e Gallerie Pontificie i Monumenti Vaticani di Archeologia e d'Arte, dal 1922 al 1957 (volumi 10).

 Nel 2011 la Giuria del I Premio Internazionale “Terras sem sombras” ha deciso di attribuire questo riconoscimento, nella sezione del “Patrimonio Culturale”, alla Pontificia Accademia Romana di Archeologia. La proposta è stata presentata alla giuria dal rappresentante della Real Sociedade Arqueologica Lusitana (istituzione fondata nel 1849).